Om de toekomst van de steeds groeiende werkgroep, en in de eerste plaats natuurlijk ook de toekomst van de kerkuil te verzekeren, werd op 28 oktober 1997 een samenwerkingsovereenkomst afgesloten met Vogelbescherming Vlaanderen. De Kerkuilwerkgroep Vlaanderen werkt verder als een afdeling van Vogelbescherming Vlaanderen vzw.